要将GitHub Pages与阿里云的二级域名绑定，您可以遵循以下步骤操作：

1. 准备工作

确保您已有一个GitHub Pages站点，且该站点已成功发布。GitHub Pages站点默认位于your-username.github.io（对于用户或组织页面）或repository-name（对于项目页面）之下。

同时，确保您在阿里云已注册了一个域名，并准备使用其二级域名进行绑定。

2. 在GitHub Pages设置自定义域名

登录到GitHub，进入您的仓库。

点击仓库顶部的“Settings”（设置）选项卡。

向下滚动到“GitHub Pages”部分。

在Custom domain（自定义域名）输入框内，输入您的阿里云二级域名，比如subdomain.example.com。

点击“Save”保存设置。

3. 创建CNAME文件

在您的GitHub Pages仓库中，创建或编辑一个名为CNAME（无文件扩展名）的文件，内容仅包含一行文本，即您打算绑定的二级域名，例如： subdomain.example.com

提交并推送这个CNAME文件到GitHub仓库。

4. 阿里云域名解析设置

登录到阿里云域名管理控制台。

选择您要绑定的域名。

进入域名解析设置页面。

添加解析记录： 对于GitHub Pages，您需要添加一条CNAME记录： 记录类型：选择“CNAME”。

主机记录：输入二级域名的部分，比如如果您的二级域名是subdomain.example.com，这里就输入subdomain。

记录值：输入您的GitHub Pages的URL，即your-username.github.io或项目页面的URL（不包含http://或https://）。

根据需要，您也可以添加一条A记录指向GitHub Pages的IP地址，但通常CNAME记录足够。GitHub Pages的IP地址可能会变动，因此推荐使用CNAME记录。

5. 验证绑定

等待DNS解析生效，这可能需要几分钟到几个小时不等。 在浏览器中输入您的二级域名，检查是否能正常访问GitHub Pages站点。

6. （可选）启用HTTPS

如果您希望二级域名支持HTTPS，GitHub Pages本身支持为自定义域提供HTTPS。您只需在GitHub Pages设置中添加了自定义域名后，等待一段时间，GitHub会自动为您的自定义域名启用HTTPS。您也可以考虑使用阿里云CDN或其他服务来为您的二级域名启用HTTPS。

完成以上步骤后，您的GitHub Pages站点应该就能通过阿里云的二级域名访问了。